鎮巢軍,中國宋朝時設置的的行政區——軍。
宋理宗景定三年(1263年),在巢縣設立鎮巢軍,治所在巢縣(今安徽省巢湖市)。宋恭帝德祐二年(1276年),江北淮西地全為元朝所有,鎮巢軍孤立南宋北疆。統制洪福戰死,鎮巢軍失守。元朝廢除鎮巢軍。