磨兒勘招討司是明朝藏區土司機構名稱。
洪武七年設置磨兒勘招討司，轄地在今四川省甘孜藏族自治州巴塘縣和西藏自治區芒康縣境內，其地通過傳統茶馬互市和貢賜貿易和漢地保持政治經濟文化交往。貢使開始一年進京一次，成化年間改為三年一貢。給與勘合從雅州進入漢地。所屬官員按照明朝土官的制度承襲。
