有些细胞向囊胚腔内折形成的过程称为内凹。这些细胞重新排列直到宽又浅的凹陷变成细而深的凹陷,经由内胚层细胞的引导,细长状的管状构造形成原肠,原肠是经由汇聚延伸所完成的。而原肠末端的开口则是胚孔。
丝状伪足--经由间质细胞所构成的细长状的纤维,可以使原肠顺利地被拉过囊胚腔,到达另一端。内胚层的原肠细胞会与外胚层的原肠细胞融合。至此原肠形成已经完成,具有消化管的功能。
两栖类动物与鱼类所遗留下来的痕迹则成为胚孔痕,另外鸟类与哺乳类所遗留的痕迹成为原痕或原线。所有均由背胚孔与原结(又称恒生结)所控制。
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