小早川水军（日语：小早川水軍／こばやかわすいぐん Kobayakawasuigun）是小早川家（日语：小早川家）率领的水军，在小早川隆景一代担任毛利水军（日语：毛利水軍）的主力。
天文24年（1555年），在严岛之战中，与村上水军一同作战等，作为毛利水军和毛利氏的主力奋战。天正4年（1576年），在第一次木津川口之战中，击败织田氏的九鬼水军（日语：九鬼水軍）。
