蚓鳗科其下分2个属，如下：
- 蚓鳗属(Moringua)
- 线蚓鳗(Moringua abbreviata)
- 苇蚓鳗(Moringua arundinacea)
- 双色蚓鳗(Moringua bicolor)
- 爱氏蚓鳗(Moringua edwardsi)
- 锈色蚓鳗(Moringua ferruginea)
- 多椎蚓鳗(Moringua javanica)
- 大头蚓鳗(Moringua macrocephalus)
- 大鳍蚓鳗(Moringua macrochir)
- 小鳍蚓鳗(Moringua microchir)
- (Moringua penni)
- 赖塔蚓鳗(Moringua raitaborua)
- 新康吉鳗属(Neoconger)
- 新康吉鳗(Neoconger mucronatus)
- 瘤新康吉鳗(Neoconger tuberculatus)
- 蠕新康吉鳗(Neoconger vermiformis)
