郑亦邹,生卒年不详,字居仲,福建海澄人。清朝政治人物,历史学家。
康熙三十二年(1693年)中福建举人,康熙四十五年(1706年)进士,即于京任内阁中书,因无意于仕途,经闽巡抚张清恪聘郑亦邹返乡,于漳州东南白云山书院任学正,授徒著述。
著作《郑成功传》、《明季辨误》、《江闽事略》、《明季遂志录》、《明遗民录》,是清初研究晚明史的历史学家。