量子显微镜是可以测量物质和量子粒子的微观属性并能让其成像的显微镜。这些显微镜都运用到了量子原理。第一个量子显微镜是扫描隧道显微镜,它为光离子化显微镜和量子纠缠显微镜的发展铺平了道路。