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ChEMBL

ChEMBL或ChEMBLdb是具有类药物特性生物活性分子的化学数据库。[1]

ChEMBL
内容
相关信息
研究中心欧洲分子生物学实验室
实验室 英国欧洲生物信息学研究所（英语：European Bioinformatics Institute）
创始人John Overington（2008年至2015年的团队负责人）
Andrew Leach（2016年至今的团队负责人）
发布日期2009
访问入口
网站ChEMBL
下载地址Downloads
网络服务地址ChEMBL Webservices
Sparql终端ChEMBL EBI-RDF Platform
工具
其他
许可The ChEMBL data is made available on a Creative Commons Attribution-Share Alike 3.0 Unported Licence
版本ChEMBL_28

由英国南剑桥郡辛克斯顿（英语：Hinxton）威康信托基因组园区（英语：Wellcome Trust Genome Campus）欧洲分子生物学实验室EMBL的欧洲生物信息学研究所EBI（英语：European Bioinformatics Institute）维护。

该数据库由一家名为Inpharmatica Ltd.的生物技术公司开发，被称为StARlite；后来被Galapagos NV（英语：Galapagos NV）收购。[2]随后在EMBL-EBI由John Overington领导ChEMBL化学基因组学（英语：chemogenomics）小组成立。[3][4]

范围和访问 编辑

ChEMBL数据库包含针对药物靶点的化合物生物活性数据。生物活性以Ki、Kd、IC50、EC50报告。[5]可以过滤和分析数据，以开发化合物筛选库，用于药物发现过程中的先导鉴定。[6]

通过对12种药物化学期刊34,000多篇出版物进行整理，ChEMBL_02于2010年1月推出，涵盖622,824种化合物2.4万种天然产物240万个生物测定测量值。ChEMBL对可用生物活性数据覆盖范围已发展成“公共数据库有史以来最全面”。[3]2010年10月，ChEMBL_08发布，涵盖636,269种化合物超过297万次生物测定测量。[7]

ChEMBL_10添加了PubChem确认性化验（英语：assays）以便整合与ChEMBL包含的数据类型和类别相当的数据。[8]

ChEMBLdb可通过Web界面访问或通过文件传输协议下载。适合计算机化数据挖掘，并试图以便进行比较分析标准化不同出版物之间的活动。[1]ChEMBL还被整合到其它大型化学资源，包括PubChem、英国皇家化学会的ChemSpider系统。

相关资源 编辑

除了数据库，ChEMBL小组还开发了用于数据挖掘的工具和资源。[9]包括一个专注于激酶的综合化学基因组学工作台Kinase SARfari。该系统整合并链接了序列、结构、化合物、筛选数据（英语：Screening (medicine)）。

类似的工作台有GPCR SARfari，专注于GPCR，ChEMBL-被忽视的热带病（ChEMBL-Neglected Tropical Diseases、ChEMBL-NTD）是开放获取的初级筛选和药物化学数据存储库，针对非洲、亚洲、美洲发展中地区的地方热带病（英语：tropical diseases）。ChEMBL-NTD的主要目的是为存放的数据提供一个可自由访问的永久存档分发中心。[3]

2012年7月发布了新的疟疾数据服务互联网档案馆的存档，存档日期2016-07-30.由Medicines for Malaria Venture （页面存档备份，存于互联网档案馆）赞助，面向全球的研究人员。该服务的数据包括来自Malaria Box筛查集的化合物，以及在ChEMBL-NTD发现的其他捐赠疟疾数据。

myChEMBL （页面存档备份，存于互联网档案馆），ChEMBL虚拟机于2013年10月发布，允许用户访问完整、免费、易于安装的化学信息学基础设施。

2013年12月，SureChem专利信息数据库业务移交EMBL-EBI。SureChem改名SureChEMBL。

2014年引入了一种用于预测和比较跨物种的工具ADME目标新资源ADME SARfari。[10]

参见 编辑

参考 编辑

  1. ^ 1.0 1.1 Gaulton, A; et al. ChEMBL: a large-scale bioactivity database for drug discovery. Nucleic Acids Research. 2011, 40 (Database issue): D1100–7. PMC 3245175  . PMID 21948594. doi:10.1093/nar/gkr777. 
  2. ^ Open access drug discovery database launches with half a million compounds | Wellcome. wellcome.ac.uk. 18 January 2010 [31 August 2019]. 
  3. ^ 3.0 3.1 3.2 Bender, A. Databases: Compound bioactivities go public. Nature Chemical Biology. 2010, 6 (5): 309. doi:10.1038/nchembio.354  . 
  4. ^ Overington J. ChEMBL. An interview with John Overington, team leader, chemogenomics at the European Bioinformatics Institute Outstation of the European Molecular Biology Laboratory (EMBL-EBI). Interview by Wendy A. Warr. J. Comput.-Aided Mol. Des. April 2009, 23 (4): 195–8. Bibcode:2009JCAMD..23..195W. PMID 19194660. S2CID 2946417. doi:10.1007/s10822-009-9260-9. 
  5. ^ Mok, N. Yi; Brenk, Ruth. Mining the ChEMBL Database: An Efficient Chemoinformatics Workflow for Assembling an Ion Channel-Focused Screening Library. J. Chem. Inf. Model. Oct 24, 2011, 51 (10): 2449–2454. PMC 3200031  . PMID 21978256. doi:10.1021/ci200260t. 
  6. ^ Brenk, R; Schinpani, A; James, D; Krasowski, A. Lessons learnt from assembling screening libraries for drug discovery for neglected diseases. ChemMedChem. Mar 2008, 3 (3): 435–44. PMC 2628535  . PMID 18064617. doi:10.1002/cmdc.200700139. 
  7. ^ ChEMBL-og, ChEMBL_08 Released, 15 November 2010 [2010-11-15], （原始内容存档于2011-07-08） 
  8. ^ ChEMBL-og, ChEMBL_10 Released, 6 June 2011 [2011-06-09], （原始内容存档于2011-08-13） 
  9. ^ Bellis, L J; et al. Collation and data-mining of literature bioactivity data for drug discovery.. Biochemical Society Transactions. 2011, 39 (5): 1365–1370. PMID 21936816. doi:10.1042/BST0391365. 
  10. ^ Davies, M; et al. ADME SARfari: Comparative Genomics of Drug Metabolising Systems.. Bioinformatics. 2015, 31 (10): 1695–1697. PMC 4426839  . PMID 25964657. doi:10.1093/bioinformatics/btv010. 

外部链接 编辑

维基数据上的相关属性：
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