DOCK
此条目页介绍的是一款分子对接程序。
- 关于“dock”的中文含义，请见“码头”。
- 关于Mac OS中的应用启动器，请见“Dock (MacOS)”。
UCSF DOCK是由欧文“塔克”孔茨小组于20世纪80年代开发的首个分子对接程序。[1]DOCK使用几何算法来预测小分子的结合模式。[2][3][4] 布赖恩·肖切特（Brian K. Shoichet）、戴维·凯斯（David A. Case）、罗伯特·里佐（Robert C.Rizzo）是该软件的开发者。
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| 原作者 | Brian K. Shoichet David A. Case Robert C.Rizzo |
|---|---|
| 开发者 | 加州大学旧金山分校 |
| 首次发布 | 1982年 |
| 当前版本 | DOCK 3：3.8 DOCK 6：6.12 |
| 编程语言 | DOCK 3：Fortran、C语言 DOCK 6：C++、C语言、Fortran 77 |
| 操作系统 | DOCK 3：源代码 DOCK 6：Linux、macOS、Windows |
| 平台 | x86、x86-64 |
| 文件大小 | 100 MB |
| 语言 | 英语 |
| 类型 | 分子对接 |
| 许可协议 | 专有: 对学术机构免费 对行业组织收费 |
| 网站 | dock |
| 数据截至 | 2024-10-04 |
小组目前正在开发DOCK 3和DOCK 6两个版本的程序。
DOCK使用的配体采样方法包括：
- 刚性对接：形状匹配，使用放置在袋中的微球并对这些微球和分子进行二分图匹配（所有版本）。
- 自由配体使用锚点和增长算法（DOCK 4-6）[5]、数据库的层次对接（DOCK3.5-3.8）进行计算。[6][7]
戴维·凯斯小组在DOCK 6的打分函数AMBER score中加入了分子动力学引擎。这一功能考虑到了受体的灵活性，并允许在分子对接计算中按含能集成排序。[8]
参见
编辑参考资料
编辑- ^ Kuntz, ID; Blaney, JM; Oatley, SJ; Langridge, R; Ferrin, TE. A geometric approach to macromolecule-ligand interactions. Journal of Molecular Biology. 1982, 161 (2): 269–88. PMID 7154081. doi:10.1016/0022-2836(82)90153-X.
- ^ Ewing, TJ; Makino, S; Skillman, AG; Kuntz, ID. DOCK 4.0: search strategies for automated molecular docking of flexible molecule databases. Journal of Computer-aided Molecular Design. 2001, 15 (5): 411–28. Bibcode:2001JCAMD..15..411E. PMID 11394736. S2CID 5553209. doi:10.1023/A:1011115820450.
- ^ Moustakas, DT; Lang, PT; Pegg, S; Pettersen, E; Kuntz, ID; Brooijmans, N; Rizzo, RC. Development and validation of a modular, extensible docking program: DOCK 5. Journal of Computer-aided Molecular Design. 2006, 20 (10–11): 601–19. Bibcode:2006JCAMD..20..601M. PMID 17149653. S2CID 24495648. doi:10.1007/s10822-006-9060-4.
- ^ Lang, PT; Brozell, SR; Mukherjee, S; Pettersen, EF; Meng, EC; Thomas, V; Rizzo, RC; Case, DA; et al. DOCK 6: Combining techniques to model RNA–small molecule complexes. RNA. 2009, 15 (6): 1219–30. PMC 2685511
. PMID 19369428. doi:10.1261/rna.1563609.
- ^ Ewing, TJ; Makino, S; Skillman, AG; Kuntz, ID. DOCK 4.0: search strategies for automated molecular docking of flexible molecule databases. Journal of Computer-aided Molecular Design. 2001, 15 (5): 411–28. Bibcode:2001JCAMD..15..411E. PMID 11394736. S2CID 5553209. doi:10.1023/A:1011115820450.
- ^ Lorber, DM; Shoichet, BK. Flexible ligand docking using conformational ensembles. Protein Sci. 1998, 7 (4): 938–950. PMC 2143983 . PMID 9568900. doi:10.1002/pro.5560070411.
- ^ Lorber, DM; Shoichet, BK. Hierarchical Docking of Databases of Multiple Ligand Conformations. Curr Top Med Chem. 2005, 5 (8): 739–49. PMC 1364474 . PMID 16101414. doi:10.2174/1568026054637683.
- ^ Lang, PT; Brozell, SR; Mukherjee, S; Pettersen, EF; Meng, EC; Thomas, V; Rizzo, RC; Case, DA; et al. DOCK 6: Combining techniques to model RNA–small molecule complexes. RNA. 2009, 15 (6): 1219–30. PMC 2685511 . PMID 19369428. doi:10.1261/rna.1563609.
