Pfam

Pfam
内容
有机体	全部
相关信息
研究中心	WTSI（英语：Wellcome Trust Sanger Institute）
访问入口
数据格式	Stockholm format（英语：Stockholm format）
网站	Pfam
下载地址	Pfam ftp[永久失效链接] Pfam ftp
工具
其他
许可	GNU宽通用公共许可证
可否列为书签	yes

Pfam是一个蛋白质家族数据库。此数据库会利用隐马尔可夫模型进行多重序列比对以及加上蛋白脚注^[1]^[2]^[3]。

特色

Pfam中所登录的每一个蛋白质家族可以：

查询多重序列比对
查看蛋白质主要结构
检视物种演化树
连结其他数据库
查看已知的蛋白质结构

Pfam内的蛋白质家族描述由维基百科使用者管理。

Pfam的最新版本是“Pfam 34.0”（2021年3月，共计19,179个家族）^[4]

参见

TrEMBL Database performing an automated protein sequence annotation
InterPro（英语：InterPro） Integration of protein domain and protein family databases
PDBfam（页面存档备份，存于互联网档案馆） — thorough assignment of Pfam domains to sequences in the Protein Data Bank (PDB)^[5]^[6]

参考文献

^ Finn RD, Tate J, Mistry J, Coggill PC, Sammut SJ, Hotz HR, Ceric G, Forslund K, Eddy SR, Sonnhammer EL, Bateman A. The Pfam protein families database. Nucleic Acids Res. 2008, 36 (Database issue): D281–8. PMC 2238907  . PMID 18039703. doi:10.1093/nar/gkm960.
^ Robert D. Finn, Jaina Mistry, Benjamin Schuster-Böckler, Sam Griffiths-Jones, Volker Hollich, Timo Lassmann, Simon Moxon, Mhairi Marshall, Ajay Khanna, Richard Durbin, Sean R. Eddy, Erik L. L. Sonnhammer, Alex Bateman. Pfam: clans, web tools and services. Nucleic Acids Research. 2006-01-01, 34 (Database issue): D247–251 [2019-02-12]. ISSN 1362-4962. PMC 1347511  . PMID 16381856. doi:10.1093/nar/gkj149. （原始内容存档于2019-10-16）.
^ Alex Bateman, Lachlan Coin, Richard Durbin, Robert D. Finn, Volker Hollich, Sam Griffiths-Jones, Ajay Khanna, Mhairi Marshall, Simon Moxon, Erik L. L. Sonnhammer, David J. Studholme, Corin Yeats, Sean R. Eddy. The Pfam protein families database. Nucleic Acids Research. 2004-01-01, 32 (Database issue): D138–141 [2019-02-12]. ISSN 1362-4962. PMC 308855  . PMID 14681378. doi:10.1093/nar/gkh121. （原始内容存档于2019-03-28）.
^ Pfam release notes. Sanger. [2012-01-12]. ^{[永久失效链接]}
^ Dunbrack, Roland. PDBfam. PDBfam. Fox Chase Cancer Center. [9 March 2013]. （原始内容存档于2015-10-01）.
^ Xu, Qifang; Dunbrack, Roland. Assignment of protein sequences to existing domain and family classification systems: Pfam and the PDB. Bioinformatics. 2012, 28 (21): 2763–72. PMC 3476341  . PMID 22942020. doi:10.1093/bioinformatics/bts533.

外部链接

Pfam －英国Sanger Institute（英语：Sanger Institute）的蛋白质家族数据库
Pfam（页面存档备份，存于互联网档案馆）－美国珍利亚农场研究园区的蛋白质家族数据库
Pfam（页面存档备份，存于互联网档案馆）－瑞典Stockholm Bioinformatics Centre（英语：Stockholm Bioinformatics Centre）的蛋白质家族数据库
iPfam - Interactions of Pfam domains in PDB
PDBfam（页面存档备份，存于互联网档案馆） - Assignments of Pfam domains to sequences in the PDB at Fox Chase Cancer Center（英语：Fox Chase Cancer Center） USA

[pmid18039703-1] Finn RD, Tate J, Mistry J, Coggill PC, Sammut SJ, Hotz HR, Ceric G, Forslund K, Eddy SR, Sonnhammer EL, Bateman A. The Pfam protein families database. Nucleic Acids Res. 2008, 36 (Database issue): D281–8. PMC 2238907  . PMID 18039703. doi:10.1093/nar/gkm960.

[pmid16381856-2] Robert D. Finn, Jaina Mistry, Benjamin Schuster-Böckler, Sam Griffiths-Jones, Volker Hollich, Timo Lassmann, Simon Moxon, Mhairi Marshall, Ajay Khanna, Richard Durbin, Sean R. Eddy, Erik L. L. Sonnhammer, Alex Bateman. Pfam: clans, web tools and services. Nucleic Acids Research. 2006-01-01, 34 (Database issue): D247–251 [2019-02-12]. ISSN 1362-4962. PMC 1347511  . PMID 16381856. doi:10.1093/nar/gkj149. （原始内容存档于2019-10-16）.

[pmid14681378-3] Alex Bateman, Lachlan Coin, Richard Durbin, Robert D. Finn, Volker Hollich, Sam Griffiths-Jones, Ajay Khanna, Mhairi Marshall, Simon Moxon, Erik L. L. Sonnhammer, David J. Studholme, Corin Yeats, Sean R. Eddy. The Pfam protein families database. Nucleic Acids Research. 2004-01-01, 32 (Database issue): D138–141 [2019-02-12]. ISSN 1362-4962. PMC 308855  . PMID 14681378. doi:10.1093/nar/gkh121. （原始内容存档于2019-03-28）.

[4] Pfam release notes. Sanger. [2012-01-12]. ^{[永久失效链接]}

[5] Dunbrack, Roland. PDBfam. PDBfam. Fox Chase Cancer Center. [9 March 2013]. （原始内容存档于2015-10-01）.

[6] Xu, Qifang; Dunbrack, Roland. Assignment of protein sequences to existing domain and family classification systems: Pfam and the PDB. Bioinformatics. 2012, 28 (21): 2763–72. PMC 3476341  . PMID 22942020. doi:10.1093/bioinformatics/bts533.

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