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后纤束亚门 Postciliodesmatophora	Heterotrich（英语：Heterotrich）ea (Stentor（英语：Stentor (protozoa)）, Climacostomum（英语：Climacostomum）, Blepharisma（英语：Blepharisma）) Karyorelictea（英语：Karyorelictea） (Loxodes（英语：Loxodes）, Tracheloraphis（英语：Tracheloraphis）)

内大核亚门 Intramacronucleata	旋毛纲 (Stylonychia（英语：Stylonychia）, Euplotes（英语：Euplotes）) 叶口纲 (Balantidium（英语：Balantidium）, Dileptus（英语：Dileptus）) 叶咽纲 (Chilodonella（英语：Chilodonella uncinata）, Tokophrya（英语：Tokophrya）) Armophorea（英语：Armophorea） (Metopus（英语：Metopus）) 篮口纲 (Nassula（英语：Nassula）) 肾形虫纲（Colpoda（英语：Colpoda））寡膜纲 (四膜虫, Ichthyophthirius（英语：Ichthyophthirius multifiliis）, Vorticella（英语：Vorticella）, 草履虫) Plagiopylea（英语：Plagiopylid） (Plagiopyla（英语：Plagiopyla）) 前口纲 (Coleps（英语：Coleps）, Holophrya) Protocruziea（英语：Protocruziea） (Protocruzia) Cariacotrichea (Cariacothrix caudata（英语：Cariacothrix caudata）)

Mesodiniea (Mesodinium（英语：Mesodinium）, Myrionecta)

粘孢子总门

顶复门

无类锥体纲

血孢子虫目	Garniidae（英语：Garniidae） (Garnia（英语：Garnia (protist)）) 血孢子虫科 (Haemoproteus（英语：Haemoproteus）) Leucocytozoidae (Leucocytozoon（英语：Leucocytozoon）) 疟原虫科 (疟原虫属)

梨形虫目	巴贝斯科 (巴倍虫属) Theileriidae（英语：Theileriidae） (Theileria（英语：Theileria）)

类锥体纲

球虫亚纲

Agamococcidiorida（英语：Agamococcidiorida）

Gemmocystidae (Gemmocystis（英语：Gemmocystis）)
Rhytidocystidae（英语：Rhytidocystidae） (Rhytidocystis（英语：Rhytidocystis）)

真球虫目

Adeleorina

Adeleidae
Dactylosomatidae (Babesiosoma（英语：Babesiosoma）, Dactylosoma（英语：Dactylosoma）)
Haemogregarinidae (Haemogregarina（英语：Haemogregarina）)
Hepatozoidae（英语：Hepatozoidae） (Hepatozoon)
Karyolysidae（英语：Karyolysidae） (Karyolysus)
Klossiellidae（英语：Klossiellidae） (Klossiella)
Legerellidae（英语：Legerellidae） (Legerella（英语：Legerella）)

艾美亚目

Aggregatidae (Aggregata（英语：Aggregata）, Grasseella（英语：Grasseella）, Merocystis（英语：Merocystis）, Ovivora（英语：Ovivora）, Pseudoklossia（英语：Pseudoklossia）, Selysina（英语：Selysina）) Atoxoplasmatidae Barrouxiidae Calyptosporiidae Caryotrophidae 隐孢子虫科 (隐孢子虫属) Eimeriidae（英语：Eimeriidae） (Cyclospora（英语：Cyclospora）, Eimeria（英语：Eimeria）, Isospora（英语：Isospora）) Elleipsisomatidae Lankesterellidae Selenococcidiidae

肉孢子虫科	Sarcocystinae (Frenkelia（英语：Frenkelia）, Sarcocystis（英语：Sarcocystis）) 弓形虫亚科（贝诺孢子虫属, Hammondia（英语：Hammondia）, Hyaloklossia, Nephroisospora（英语：Nephroisospora）, Neospora（英语：Neospora）,弓形虫属）

Ixorheorida（英语：Ixorheorida）

Ixorheidae (Ixorheis（英语：Ixorheis）)

Protococcidiorida（英语：Protococcidiorida）

Angeiocystidae (Angeiocystis（英语：Angeiocystis）)
Eleutheroschizonidae（英语：Eleutheroschizonidae） (Coelotropha, Defretinella（英语：Defretinella）, Eleutheroschizon)
Grelliidae (Coelotropha, Grellia)
Mackinnoniidae (Mackinnonia)
Myriosporidae (Myriosporides, Myriospora（英语：Myriospora）)

簇虫亚纲

Archigregarinorida（英语：Archigregarinorida）

Exoschizonidae（英语：Exoschizonidae） (Exoschizon（英语：Exoschizon）)
Selenidioididae（英语：Selenidioididae） (Filipodium（英语：Filipodium）, Merogregarina（英语：Merogregarina）, Meroselenidium（英语：Meroselenidium）, Platyproteum（英语：Platyproteum）, Selenidioides（英语：Selenidioides）, Veloxidium（英语：Veloxidium）)

Eugregarinorida（英语：Eugregarinorida）

Aseptatorina（英语：Aseptatorina）	Aikinetocystidae（英语：Aikinetocystidae） Allantocystidae（英语：Allantocystidae） Diplocystidae（英语：Diplocystidae） Enterocystidae（英语：Enterocystidae） Ganymedidae（英语：Ganymedidae） Lecudinidae（英语：Lecudinidae） Monocystidae（英语：Monocystidae） (Monocystinae（英语：Monocystinae）, Oligochaetocystinae（英语：Oligochaetocystinae）, Rhynchocystinae（英语：Rhynchocystinae）, Stomatophorinae（英语：Stomatophorinae）, Zygocystinae（英语：Zygocystinae）) Schaudinnellidae（英语：Schaudinnellidae） Selenidiidae（英语：Selenidiidae） Thiriotiidae（英语：Thiriotiidae） Urosporidae（英语：Urosporidae）

Blastogregarinorina（英语：Blastogregarinorina）	Siedleckiidae（英语：Siedleckiidae） (Siedleckia（英语：Siedleckia）)

Septatorina（英语：Septatorina）	Fusionicae（英语：Fusionicae） (Fusionidae) Gregarinicae（英语：Gregarinicae） (Cephaloidophoridae（英语：Cephaloidophoridae）, Cephalolobidae, Didymophoridae, Gregarinidae, Hirmocystidae, Metameridae, Uradiophoridae) Porosporicae（英语：Porosporicae） (Porosporidae) Stenophoricae（英语：Stenophoricae） (Acutidae, Amphiplatysporidae, Brustiophoridae, Cnemidosporidae, Dactylophoridae, Leidyanidae, Monoductidae, Monoicidae, Sphaerocystidae, Stenophoridae, Trichorhynchidae) Stylocephaloidea（英语：Stylocephaloidea） (Actinocephalidae（英语：Actinocephalidae）, Stylocephalidae（英语：Stylocephalidae）) Blabericolidae（英语：Blabericolidae）

Neogregarinorida（英语：Neogregarinorida）

Schizogregarinina（英语：Schizogregarinina） (Caulleryellidae（英语：Caulleryellidae）, Ophryocystidae（英语：Ophryocystidae）)
Gigaductidae（英语：Gigaductidae） (Gigaductus（英语：Gigaductus）)
Lipotrophidae（英语：Lipotrophidae） (Apicystis（英语：Apicystis）, Farinocystis（英语：Farinocystis）, Lipotropha（英语：Lipotropha）, Lipocystis（英语：Lipocystis）, Mattesia（英语：Mattesia）, Menzbieria（英语：Menzbieria）)
Schizocystidae（英语：Schizocystidae） (Lymphotropha（英语：Lymphotropha）, Machadoella（英语：Machadoella）, Schizocystis（英语：Schizocystis）)
Syncystidae（英语：Syncystidae） (Syncystis（英语：Syncystis）)

Apicomonadea

Chromerida（英语：Chromerida）	Chromeraceae (Chromera velia（英语：Chromera velia）) Vitrellaceae (Vitrella brassicaformis（英语：Vitrella brassicaformis）)

Colpodellida（英语：Colpodellida）	Colpodellidae (Colpodella（英语：Colpodella）)

Voromonadida	Alphamonadidae (Alphamonas（英语：Alphamonas）) Voromonadidae (Voromonas（英语：Voromonas）)

双鞭毛虫门

横裂甲藻纲	With a theca: 多甲藻目 (Pfiesteria（英语：Pfiesteria）, 多甲藻属) 膝沟藻目 (角藻属, 膝沟藻属) 原甲藻目 (Prorocentrum) Dinophysiales (Dinophysis（英语：Dinophysis）, 帆鳍藻属, 鸟尾藻属, Oxyphysis（英语：Oxyphysis）) Without theca: 裸甲藻目 (裸甲藻属, Karenia（英语：Karenia (dinoflagellate)）, 卡罗藻属, 前沟藻属) Suessiales（英语：Suessiales） (Polarella（英语：Polarella）, 共生藻属)

夜光藻纲	夜光藻目 (夜光藻属)

共甲藻纲	共甲藻目: Amoebophryaceae（英语：Amoebophryaceae） (Amoebophyra) Duboscquellaceae（英语：Duboscquellaceae） (Duboscquella) Syndiniaceae (Hematodinium（英语：Hematodinium）, Syndinium（英语：Syndinium）)

Other	Acrocoelidae (Acrocoelus（英语：Acrocoelus）) Ichthyodinium Oxyrrhinaceae（英语：Oxyrrhinaceae） (Oxyrrhis) Pronoctilucidae (Pronoctiluca) Psammosidae (Psammosa) Rastromonadida (Parvilucifera（英语：Parvilucifera）, Rastromonas（英语：Cryptophagus (protozoa)）)

Perkinsozoa（英语：Perkinsozoa）

Perkinsea（英语：Perkinsea）	Perkinsidae（英语：Perkinsidae）（柏金丝虫属（英语：Perkinsus marinus）） Phagodinida (Phagodinium)

Protoalveolata

Ellobiopsea

Ellobiopsidae (Elliobiocystis, Ellobiopsis（英语：Ellobiopsis）, Thalassomyces)

Myzomonadea

Algovorida	Algovoridae (Algovora)

Chilovorida	Chilovoridae (Chilovora)

Squirmidea

Squirmidae (Platyproteum（英语：Platyproteum）, Filipodium（英语：Filipodium）)

Acavomonidia

Acavomonadea	Acavomonadida (Acavomonas)