倪启祚（？—？），字允昌，南直隶扬州府江都县民籍陕西咸宁县人。
万历三十七年（1609年）己酉科应天乡试举人，四十七年（1619年）己未科进士，改庶吉士，天启元年（1621年）授编修[1]，教习内书堂，同馆姚希孟、顾锡畴皆重之。天启间，逆阉魏忠贤虐善类，启祚方在告，闻之愤甚，草疏论其奸状，会遘疾，不果上，旋卒[2]。
