倪啓祚（？—？），字允昌，南直隸揚州府江都縣民籍陝西咸寧縣人。
萬曆三十七年（1609年）己酉科應天鄉試舉人，四十七年（1619年）己未科進士，改庶吉士，天啓元年（1621年）授編修[1]，教習內書堂，同館姚希孟、顧錫疇皆重之。天啟間，逆閹魏忠賢虐善類，啟祚方在告，聞之憤甚，草疏論其奸狀，會遘疾，不果上，旋卒[2]。
