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严重急性呼吸综合征冠状病毒2伽马变异株

SARS-CoV-2的變異株
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严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2-伽马变异株（英语：SARS-CoV-2 Gamma variant），别名P.1谱系（英语：Lineage P.1）[a] ，是严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）的一种变异株，于2021年1月6日首次在日本东京发现[4][8]。依据世界卫生组织命名法，P.1谱系被命名为伽马变异株，目前伽马变异株被列为“高关注变异株”（VOC）[9]。

SARS-CoV-2 变异株
伽马
科学上准确的SARS-CoV-2的外部结构的原子模型。每个“球”都是一个原子。
科学上准确的SARS-CoV-2的外部结构的原子模型。每个“球”都是一个原子。
一般细节
世卫组织指称Gamma
其它名称20J/501Y.V3、高关注变异株-202101/02（VOC-202101/02）[1]、巴西变种病毒[2][3][4]
谱系P.1
首次检测到日本东京
报告日期2021年1月6日，​3年前​（2021-01-06）
地位需要关注的变异株（英语：Variant of concern）
病例地图
2021年4月21日时点各国P.1谱系病例总数[5]
图示：
  超过1000个确诊个案
  500–999个确诊个案
  100–499个确诊个案
  2–99个确诊个案
  1个确诊个案
  无确诊个案或无数据
主要变异株

伽马变异株一共有17种氨基酸变化，其中10种发生在刺突蛋白，包括了3种特别引起关注的突变： “N501Y”、“E484K”和“K417T”[4][10]。

伽马变异株和在巴西传播的另一种变异株：泽塔变异株（P.2谱系）有显著的差异，泽塔变异株只携带“E484K”突变，并无其他两种突变：“N501Y”和“K417T”[11][10]。

历史 编辑

2021年1月6日，日本国立感染症研究所从四位抵达东京的旅客中检测出伽马变异株，他们都曾去过巴西亚马孙州[4][8]。伽马变异株是造成2021年初2019冠状病毒病病例在亚马孙州首府玛瑙斯快速增加的原因之一。

2021年1月12日，巴西－英国CADDE中心在玛瑙斯确认13例P.1谱系病例[4]。在2020年3月至11月期间从玛瑙斯收集的27份样本中没有发现P.1谱系，然而在2020年12月15日至23日期间从同城收集到的样本中P.1谱系占42%（n=13/31），接着在2020年12月15日至31日期间收集的样本中P.1谱系占52.2%（n=35/67），在2021年1月1日至9日期间收集的样本中P.1谱系更达到了85.4%（n=41/48）。从2020年12月下旬到2021年1月9日期间，P.2谱系（泽塔变异株）迅速被P.1谱系取代，玛瑙斯P.2谱系所占比重由25.4%急剧下降到6.3%[4][12]。

奥斯瓦尔多·克鲁兹基金会研究人员对亚马孙州250份基因组样本进行了研究，他们发现相比B.1.1.28谱系和B.1.195谱系病例，P.1谱系感染可以产生大约10倍的病毒载量，传播力为2.2倍。P.1谱系对于18岁到59岁人群和60岁以上的老年人群具有同等的传播力，显示P.1谱系更易在年轻人之间传播，无性别差异[13]。

CADDE中心的研究显示P.1谱系传播力比以往的变异株高两倍，而且可以避开大约32%的获得性免疫（比如先前感染冠状病毒），引发再次感染的可能性。P.1谱系的病死率比以往的变异株高1.5倍[14][15][16]。

病例统计 编辑

各国P.1谱系病例（截至2021年8月9日） GISAID[17]
国家或地区 病例数 日期
  美国 23,373 2021年6月29日
  巴西 16,200 2021年6月13日
  加拿大 8,070 2021年7月5日
  比利时 1,974 2021年7月1日
  墨西哥 2,278 2021年6月24日
  智利 2,522 2021年6月13日
  西班牙 957 2021年6月26日
  意大利 2,181 2021年6月29日
  荷兰 566 2021年6月17日
  哥伦比亚 346 2021年6月1日
  德国 806 2021年6月22日
  法国 577 2021年6月23日
  特立尼达和多巴哥 255 2021年6月15日
  阿根廷 329 2021年5月12日
  法属圭亚那 318 2021年6月11日
  英国 224 2021年6月23日
  葡萄牙 190 2021年6月23日
  乌拉圭 173 2021年4月15日
   瑞士 187 2021年6月21日
  阿鲁巴 121 2021年6月20日
  日本 118 2021年6月13日
  苏里南 117 2021年5月25日
  瑞典 141 2021年6月14日
  巴拉圭 54 2021年5月4日
  丹麦 63 2021年6月29日
  海地 47 2021年5月20日
  卢森堡 2 2021年4月19日
  芬兰 7 2021年5月23日
  孟加拉国 1 2021年2月18日
  巴巴多斯 3 2021年5月22日
  开曼群岛 1 2021年6月17日
  法罗群岛 1 2021年1月12日
  关岛 1 2021年4月30日
  圭亚那 3 2021年1月18日
  菲律宾 2 2021年2月21日
  波多黎各 1 2021年6月9日
  哥斯达黎加 69 2021年6月29日
  厄瓜多尔 145 2021年7月21日
  土耳其 88 2021年6月29日
  秘鲁 42 2021年6月14日
  多米尼加 38 2021年6月10日
  马耳他 32 2021年6月22日
  爱尔兰 29 2021年6月21日
  奥地利 28 2021年6月18日
  波兰 24 2021年7月14日
  捷克 20 2021年6月22日
  以色列 19 2021年7月6日
  玻利维亚 17 2021年6月2日
  委内瑞拉 17 2021年5月26日
  库拉索 14 2021年6月24日
  罗马尼亚 12 2021年6月12日
  韩国 10 2021年7月3日
  挪威 9 2021年7月1日
  澳大利亚 8 2021年4月25日
  新加坡 8 2021年6月11日
  斯洛文尼亚 7 2021年6月4日
  新西兰 7 2021年5月31日
  克罗地亚 6 2021年6月29日
  立陶宛 6 2021年6月30日
  约旦 5 2021年4月28日
  台湾 4 2021年1月28日
  印度 3 2021年5月12日
  波黑 3 2021年7月5日
  中国 2 2021年4月17日
  巴基斯坦 1 2021年5月17日
  安哥拉 1 2021年3月22日
  拉脱维亚 1 2021年4月1日
  泰国 1 2021年4月5日
  俄罗斯 1 2021年5月21日
  希腊 1 2021年5月14日
  博奈尔 1 2021年7月7日
世界（71国/地区） 总数：63,769 截至2021年8月9日

变异 编辑

伽马变异株包括两个子变异株：“28-AM-1”和“28-AM-2”，它们都带有“K417T”、“E484K”和“N501Y”突变。

伽马变异株有10种刺突蛋白突变，包含了N501Y和E484K。

伽马变异株变异特征
基因编号 氨基酸
ORF1ab synT733C
synC2749T
S1188L
K1795Q
del11288-11296 (3675-3677 SGF)
synC12778T
synC13860T
E5665D
刺突蛋白 L18F
T20N
P26S
D138Y
R190S
K417T
E484K
N501Y
H 655Y
T1027I
ORF8 E92K
ins28269-28273
N P80R
来源：Faria et al. (2021)，图 1.B

参见 编辑

注释 编辑

  1. ^ 其他名称包括：
    – 20J/501Y.V3
    – 高关注变异株-202101/02（VOC-202101/02）[1]
    – 巴西变种病毒（Brazilian variant、Brazil variant）[6][7][4]

参考文献 编辑

  1. ^ 1.0 1.1 Public Health England. Variants: distribution of cases data. GOV.UK. 27 February 2021 [2021-02-27]. （原始内容存档于2021-06-07） （英语）. 
  2. ^ Covid-19: Brazil virus already in UK 'not variant of concern', scientist says. www.bbc.com. 15 January 2021 [15 January 2021]. （原始内容存档于2021-11-14）. 
  3. ^ COVID-19: Virologist says Brazilian coronavirus variant detected in UK is not the one 'of concern'. news.sky.com. 15 January 2021 [15 January 2021]. （原始内容存档于2021-11-14）. 
  4. ^ 4.0 4.1 4.2 4.3 4.4 4.5 4.6 Faria, Nuno R.; Claro, Ingra Morales. Genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in Manaus: preliminary findings. Virological. 2021-01-12 [2021-01-23]. （原始内容存档于2021-05-20） （英语）. 
  5. ^ Lineage P.1. cov-lineages.org. [2021-04-21]. 
  6. ^ Covid-19: Brazil virus already in UK 'not variant of concern', scientist says. www.bbc.com. 2021-01-15 [2021-01-15]. （原始内容存档于2021-11-14）. 
  7. ^ COVID-19: Virologist says Brazilian coronavirus variant detected in UK is not the one 'of concern'. 天空新闻台. 2021-01-15 [2021-01-15]. （原始内容存档于2021-11-14）. 
  8. ^ 8.0 8.1 Japan finds new coronavirus variant in travelers from Brazil. Japan Today (日本). 2021-01-11 [2021-01-14]. （原始内容存档于2021-01-11）. 
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  14. ^ Andreoni, Manuela; Londoño, Ernesto; Casado, Leticia. Brazil's Covid Crisis Is a Warning to the Whole World, Scientists Say - Brazil is seeing a record number of deaths, and the spread of a more contagious coronavirus variant that may cause reinfection.. 纽约时报. 2021-03-03 [2021-03-03]. （原始内容存档于2021-03-03）. 
  15. ^ Zimmer, Carl. Virus Variant in Brazil Infected Many Who Had Already Recovered From Covid-19 - The first detailed studies of the so-called P.1 variant show how it devastated a Brazilian city. Now scientists want to know what it will do elsewhere.. 纽约时报. 1 2021-03-01 [2021-03-03]. （原始内容存档于2021-03-03）. 
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  17. ^ GISAID - hCov19 Variants. www.gisaid.org. [2021-08-09]. （原始内容存档于2021-06-23）. 
  18. ^ Spike Variants: Gamma variant, aka P.1, B.1.1.28.1, 20J/501Y.V3 variant, and K417T/E484K/N501Y. covdb.stanford.edu. [2021-11-29]. （原始内容存档于2021-06-30） （英语）. 

外部链接 编辑

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