囊头鲉科其下分3个属[1],如下:
- 无鳔黑鲉(Ectreposebastes imus):又称深海鲉。
- 暗黑鲉(Ectreposebastes niger)
- 长头光鲉(Lioscorpius longiceps)
- 三带光鲉(Lioscorpius trifasciatus)
- 盔囊头鲉(Setarches armata) (Fowler, 1938)
- 根室氏囊头鲉 (Setarches guentheri) Johnson, 1862
- 长臂囊头鲉 Setarches longimanus (Alcock, 1894):又称囊头鲉。