囊頭鮋科其下分3個屬[1],如下:
- 無鰾黑鮋(Ectreposebastes imus):又稱深海鮋。
- 暗黑鮋(Ectreposebastes niger)
- 長頭光鮋(Lioscorpius longiceps)
- 三帶光鮋(Lioscorpius trifasciatus)
- 盔囊頭鮋(Setarches armata) (Fowler, 1938)
- 根室氏囊頭鮋 (Setarches guentheri) Johnson, 1862
- 長臂囊頭鮋 Setarches longimanus (Alcock, 1894):又稱囊頭鮋。