孔子庙是日本长崎县长崎市的一座孔庙，建于1893年，1982年重修，为中式建筑。1983年起设有中国历史博物馆，里面展出北京故宫博物院借出的文物。
现存建筑有黉门、棂星门、仪门、两庑、七十二贤人像、大成殿。每年9月最后的星期六有祭孔仪式。
