爱沙尼亚足球协会（爱沙尼亚语：Eesti Jalgpalli Liit，简称EJL）是爱沙尼亚的足球主管团体，总部设于塔林，负责组织爱沙尼亚各级别联赛、爱沙尼亚杯、爱沙尼亚超级杯及爱沙尼亚国家足球队。
爱沙尼亚足球协会早于1923年已加入欧洲足联，但其后因被苏联并吞而解散。1992年脱离俄罗斯独立后再重新加入。
