东京大学综合研究博物馆(日语:東京大学総合研究博物館,とうきょうだいがくそうごうけんきゅうはくぶつかん,The University Museum, The University of Tokyo)是东京大学设置的一个教育研究机构和博物馆。这座博物馆设立于1966年4月。博物馆本馆位于东京大学本乡校区内,并设有小石川分馆。小石川分馆在1970年被指定为重要文化财。