東京大學綜合研究博物館(日語:東京大学総合研究博物館,とうきょうだいがくそうごうけんきゅうはくぶつかん,The University Museum, The University of Tokyo)是東京大學設置的一個教育研究機構和博物館。這座博物館設立於1966年4月。博物館本館位於東京大學本鄉校區內,並設有小石川分館。小石川分館在1970年被指定為重要文化財。