伊萨克·科穆宁是拜占庭皇帝约翰二世与皇后匈牙利的伊琳娜(英语:Irene of Hungary)的第三子。此前伊萨克的两个兄长已去世,但约翰二世死前却选择让第四子曼努埃尔继位,导致两兄弟关系紧张。他曾参加父亲和弟弟在小亚细亚的战争,他还是普世牧首科斯玛斯二世(英语:Cosmas II of Constantinople)的坚定支持者,除此之外,关于他的记载不多。