T-Coffee
T-Coffee (中文直翻:茶与咖啡) (Tree-based Consistency Objective Function For alignment Evaluation) (以树形基础的一致性做多重序列比对) 是利用渐进似算法来作多重序列比对的软件 [2]。 它利用两两序列比对所产生的资讯来进行多重序列比对。 在最新的版本 (3D-Coffee) 中，亦可结合结构的资讯来作多重序列比对。 此外，该软件可以评估比对结果的品质及找出在比对中所出现特殊的模板 (Mocca)。 预设比对结果输出的格式为 aln (Clustal), 但也可产生其他 PIR, MSF, FASTA ... 等格式。 常用的输入格式多有支援 (FASTA, PIR)。
| 开发者 | Cédric Notredame, Centro de Regulacio Genomica (CRG) - 巴塞罗那 |
|---|---|
| 当前版本 |
|
| 源代码库 | |
| 操作系统 | UNIX, Linux, MS-Windows |
| 类型 | Bioinformatics tool |
| 许可协议 | |
| 网站 | http://www.tcoffee.org |
与其它方法的比较 编辑
T-Coffee 的一个特点是可以结合其他方法或是不同的资讯。 在最新的版本中，T-Coffee 在进行多重序列比对，可以加入结构资讯, RNA 结构资讯。 甚至，可以输入其他序列比对方法或是结构比对方法的结果。 更详细的资讯参见: tclinkdb.txt（页面存档备份，存于互联网档案馆）
在 T-Coffee 中，还有一个相当完备的序列后处理的程式，名为 seq_reformat。 详细资讯参考 t_coffee_technical.htm，或是参见使用说明 t_coffee_tutorial.htm
子方法 编辑
M-Coffee 编辑
M-Coffee 是 T-Coffee 中一个特别的方法，它可以结合许多常用的多重序列比对的软件，例如：Muscle, ClustalW, Mafft, ProbCons ... 等。 所产生出来的结果将比个别方法来的好一些，然而更重要的一点是在 M-Coffee 将指出比对结果中各方法所同意的区段出来，各方法所同意的区段通常是可靠的比对结果。
Expresso 和 3D-Coffee 编辑
这两种方法可以结合序列与结构资讯在比对当中。其中关于结构比对的部分利用常见方法，如: TMalign, Mustang和 sap。
R-Coffee 编辑
该方法为利用二级结构的资讯来比对 RNA 序列。
TM-Coffee 编辑
参见 编辑
书目 编辑
- ^ Release 12.00. 2018年12月11日 [2019年2月1日].
- ^ Notredame C, Higgins DG, Heringa J. T-Coffee: A novel method for fast and accurate multiple sequence alignment. J Mol Biol. 2000-09-08, 302 (1): 205–217. PMID 10964570. doi:10.1006/jmbi.2000.4042.
- ^ Chang JM, Di Tommaso P, Taly JF, Notredame C. Accurate multiple sequence alignment of transmembrane proteins with PSI-Coffee. BMC Bioinformatics. 2012-03-28, 13: S1. PMC 3303701
. PMID 22536955. doi:10.1186/1471-2105-13-S4-S1.
