T-Coffee

T-Coffee
開發者	Cédric Notredame, Centro de Regulacio Genomica (CRG) - 巴塞隆納
當前版本	8.99（2011年1月25日，13年前）
原始碼庫	github.com/cbcrg/tcoffee;
作業系統	UNIX, Linux, MS-Windows
類型	Bioinformatics tool
許可協議	GPL
網站	http://www.tcoffee.org

T-Coffee (中文直翻:茶與咖啡) (Tree-based Consistency Objective Function For alignment Evaluation) (以樹形基礎的一致性做多重序列比對) 是利用漸進似演算法來作多重序列比對的軟體 ^[1]。它利用兩兩序列比對所產生的資訊來進行多重序列比對。在最新的版本 (3D-Coffee) 中，亦可結合結構的資訊來作多重序列比對。此外，該軟體可以評估比對結果的品質及找出在比對中所出現特殊的模板 (Mocca)。預設比對結果輸出的格式為 aln (Clustal), 但也可產生其他 PIR, MSF, FASTA ... 等格式。常用的輸入格式多有支援 (FASTA, PIR)。

與其它方法的比較

T-Coffee 的一個特點是可以結合其他方法或是不同的資訊。在最新的版本中，T-Coffee 在進行多重序列比對，可以加入結構資訊, RNA 結構資訊。甚至，可以輸入其他序列比對方法或是結構比對方法的結果。更詳細的資訊參見: tclinkdb.txt（頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）

在 T-Coffee 中，還有一個相當完備的序列後處理的程式，名為 seq_reformat。詳細資訊參考 t_coffee_technical.htm，或是參見使用說明 t_coffee_tutorial.htm

子方法

M-Coffee

M-Coffee 是 T-Coffee 中一個特別的方法，它可以結合許多常用的多重序列比對的軟體，例如：Muscle, ClustalW, Mafft, ProbCons ... 等。所產生出來的結果將比個別方法來的好一些，然而更重要的一點是在 M-Coffee 將指出比對結果中各方法所同意的區段出來，各方法所同意的區段通常是可靠的比對結果。

Expresso 和 3D-Coffee

這兩種方法可以結合序列與結構資訊在比對當中。其中關於結構比對的部份利用常見方法，如: TMalign, Mustang和 sap。

R-Coffee

該方法為利用二級結構的資訊來比對 RNA 序列。

TM-Coffee

該方法特別針對跨膜蛋白,因此在進行多重序列比對之外,亦針對輸入的序列進行膜蛋白二級結構預測 ^[2]。

參見

List of sequence alignment software
Clustal
LiSA Web（頁面存檔備份，存於網際網路檔案館） — a library of open source structural analysis algorithms.
MARNA — a server for multiple alignment of RNAs

書目

^ Notredame C, Higgins DG, Heringa J. T-Coffee: A novel method for fast and accurate multiple sequence alignment. J Mol Biol. 2000-09-08, 302 (1): 205–217. PMID 10964570. doi:10.1006/jmbi.2000.4042.
^ Chang JM, Di Tommaso P, Taly JF, Notredame C. Accurate multiple sequence alignment of transmembrane proteins with PSI-Coffee. BMC Bioinformatics. 2012-03-28, 13: S1. PMC 3303701  . PMID 22536955. doi:10.1186/1471-2105-13-S4-S1.

外部連結

T-Coffee Home Page（頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）
T-Coffee Aligner Server（頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）
T-Coffee download page（頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）
Technical documentation
Tutorial
List of third party aligners supported by T-Coffee（頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）

[pmid10964570-1] Notredame C, Higgins DG, Heringa J. T-Coffee: A novel method for fast and accurate multiple sequence alignment. J Mol Biol. 2000-09-08, 302 (1): 205–217. PMID 10964570. doi:10.1006/jmbi.2000.4042.

[2] Chang JM, Di Tommaso P, Taly JF, Notredame C. Accurate multiple sequence alignment of transmembrane proteins with PSI-Coffee. BMC Bioinformatics. 2012-03-28, 13: S1. PMC 3303701  . PMID 22536955. doi:10.1186/1471-2105-13-S4-S1.

[1]

[2]