吴文元(1431年—?),字善长,福建建宁府瓯宁县人,明朝政治人物。
成化元年(1465年)乙酉科福建乡试第八十九名。成化二年(1466年)联捷丙戌科进士。官浙江按察副使,曾议海道便宜十事,切中时弊。升河南按察使。工诗文。
曾祖父吴子安。祖父吴仲铭。父亲吴智,曾任国子助教[1]。