自然主义通常是指继承唯物主义和实用主义衣钵、不探究自然界中超自然因素的哲学立场，其理论基础认为所有现象皆可用自然理由的概念解释。自然主义不一定认为超自然现象和假设不存在或就是荒谬，但是所有的现象和假设必须可以用相同的方法来研究，因此任何超自然事物或是不存在，或是不可知，或是与自然现象和假设没有本质区别。
任何限制于自然、物理、唯物方法和解释范围内的探索和调查手段，或者积累知识的过程，都可归入自然主义。
许多科学哲学家用“方法自然主义”（又译“方法论自然主义”，“自然方法论”）和“科学自然主义”来指科学方法中被长久广为遵循的常规，即使用方法论假设可观察的自然现象只能由自然原因来解释，而不假设超自然能力是否存在，因此也不接受超自然的解释。与“存在论自然主义”或“形而上学自然主义”相对，这些思想认为：自然界（包括整个宇宙）就是存在的全部，因此超自然事物是不存在的。
这是由支持科学和演化论的哲学家提出，他们在“创造论对演化论的争议”中反对创造论或智能设计论，把“方法论自然主义”称为“科学唯物主义”或者“方法论唯物主义”，与“形而上学自然主义”结合，进一步支持他们提出的“现代科学是无神论”的理念。与其相对的自然哲学手段则接受对自然现象的超自然解释，从而被称为“有神论科学”或伪科学。