高雄水上警察署,是台湾日治时代高雄市的警察署,位在新滨町,现高雄港务警察局之前身。
昭和15年(1940年)设置,管辖高雄市沿岸部,署长由警视任之。高雄市其馀区域由高雄东警察署、高雄西警察署管辖。
以下是昭和19年(1944年)高雄水上署直辖和辖下警察官吏派出所(以下简称派出所)管辖区域一览。[1]