東南大學計算機科學與工程學院隸屬於2009年設立的東南大學信息電子學部[1]。
2000年4月，原東南大學、南京鐵道醫學院、南京交通高等專科學校合併，南京地質學校併入，組建了新的東南大學。[2]相關院系組建了東南大學計算機科學與工程學院。
電子科學與工程學院目前設置了計算機網絡及其應用、數據庫及信息系統、人工智能及其應用、軟件工程及理論、理論計算機科學、計算機系統結構、圖象處理與科學可視化一級學科
