巢紀平（1932年10月19日—），江蘇無錫人，氣象學家，中國科學院院士。
巢紀平於1954年畢業於南京大學氣象學系。此後前往中國科學院地球物理研究所工作。1964年升任副研究員。1978年起任中國科學院大氣物理研究所研究員。1980年作為訪問學者前往美國普林斯頓大學大氣地球物理流體力學實驗室。1984年出任國家海洋局國家海洋環境預報中心主任。1989年起任名譽主任。1995年當選中國科學院地學部院士。
