方殿元,字蒙章,號九穀[1],廣東承宣布政使司廣州府番禺縣(今廣東省廣州市)人,清朝政治人物、進士出身。
順治十一年,鄉試中舉。康熙三年(1664年),登進士,擔任剡城縣、江寧縣等縣知縣[2][3]。
有子方還、方朝。