蛋白質資料庫
蛋白質資料庫（Protein Data Bank，簡稱PDB）是一個專門收錄蛋白質及核酸的三維結構資料的數據庫。由Worldwide Protein Data Bank監管。PDB可以經由網絡免費訪問，是結構生物學研究中的重要資源。為了確保PDB資料的完備與權威，各個主要的科學雜誌、基金組織會要求科學家將自己的研究成果提交給PDB。在PDB的基礎上，還發展出來若干依據不同原則對PDB結構數據進行分類的數據庫，例如GO將PDB中的數據按基因進行了分類。這些資料和數據一般是世界各地的結構生物學家經由X射線晶體學或NMR光譜學實驗所得，並釋放到公有領域供公眾免費使用。
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| 數據格式 | PDB |
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歷史
編輯PDB的歷史可以追溯到1971年，當時布魯克黑文國家實驗室的Walter Hamilton決定在Brookhaven建立這個數據庫。1973年Hamilton去世後，Tom Koeztle接管了PDB。1994年1月，以色列魏茨曼科學研究學院的Joel Sussman被任命為PDB負責人。在1998年10月，PDB被移交給了Research Collaboratory for Structural Bioinformatics(RCSB)，並與1999年6月移交完畢，新的負責人是羅格斯大學(Rutgers大學)（RCSB成員）的Helen M. Berman。2003年，PDB作為wwPDB的核心，成為了一個國際性組織。同時，wwPDB的其他成員，包括PDBe（歐洲）、RCSB（美國）、PDBj（日本）也為PDB提供了數據積累、處理和發布的中心。BMRB 於2006年加入[1]。值得一提的是，雖然PDB的數據是由世界各地的科學家提交的，但每條提交的數據都會經過wwPDB工作人員的審核與註解，並檢驗數據是否合理。PDB及其提供的軟件現在對公眾免費開放。
內容
編輯
PDB數據庫每週更新（UTC+0 星期三）。 同樣，PDB館藏列表[2]也每週更新一次。 截至截至2017年3月14日[update]，現有統計信息如下：
| 實驗 方法 |
蛋白質 | 核酸 | 蛋白質/核酸 複合物 |
其他 | 總數 |
|---|---|---|---|---|---|
| X射線晶體學 | 106595 | 1820 | 5471 | 4 | 113890 |
| 核磁共振 | 10296 | 1190 | 241 | 8 | 11735 |
| 電子顯微鏡 | 1021 | 30 | 367 | 0 | 1418 |
| 混合 | 99 | 3 | 2 | 1 | 105 |
| 其他 | 181 | 4 | 6 | 13 | 204 |
| 總數: | 118192 | 3047 | 6087 | 26 | 127352 |
- PDB中的103,514個結構具有結構因子文件。
- 9,057個結構具有NMR約束文件。
- PDB中的2,826個結構具有化學位移文件。
- PDB中的1,403個結構在EM Data Bank中存有3DEM地圖文件
這些數據表明大多數結構是由X射線衍射確定的，但是現在約10％的結構由蛋白質NMR確定。 當使用X射線衍射時，獲得蛋白質原子坐標的近似值，而通過NMR實驗發現蛋白質原子對之間距離的估計值。 因此，在後一種情況下，通過求解距離幾何問題來獲得蛋白質的最終構象。 一些蛋白質由低溫電子顯微鏡確定。 （單擊原始表中的數字將顯示由該方法確定的結構示例。）
上述結構因子文件的意義在於，對於具有結構文件的由X射線衍射確定的PDB結構，可以查看電子密度圖。 這些結構的數據存儲在「電子密度服務器」上[3][4] 。
過去，PDB的結構數量以近似指數的速度增長，通過了1982年的100個註冊結構里程碑，1993年的1,000個，1999年的10,000個，以及2014年的100,000個[5][6]。然而，自2007年以來，新蛋白質結構的積累速率似乎已經趨於穩定。
以下為PDB成員網站
編輯參見
編輯參考文獻
編輯- ^ BMRB - Biological Magnetic Resonance Bank. [2014-01-02]. （原始內容存檔於2020-10-20）.
- ^ PDB Current Holdings Breakdown. RCSB. [2018-04-22]. （原始內容存檔於2007-07-04）.
- ^ The Uppsala Electron Density Server. Uppsala University. [2013-04-06]. （原始內容存檔於2021-03-21）.
- ^ Kleywegt GJ, Harris MR, Zou JY, Taylor TC, Wählby A, Jones TA. The Uppsala Electron-Density Server. Acta Crystallogr D. Dec 2004, 60 (Pt 12 Pt 1): 2240–2249. PMID 15572777. doi:10.1107/S0907444904013253.
- ^ Anon. Hard data: It has been no small feat for the Protein Data Bank to stay relevant for 100,000 structures. Nature. 2014, 509 (7500): 260. PMID 24834514. doi:10.1038/509260a.
- ^ Content Growth Report. RCSB PDB. [2013-04-06]. （原始內容存檔於2007-04-28）.
外部連結
編輯- （英文）PDB的官方網站（總站） （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館），區域網站（下）
- （英文）The Worldwide Protein Data Bank (wwPDB)— parent site to regional hosts (below)
- wwPDB Documentation （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館） — documentation on both the PDB and PDBML file formats
- （英文）Looking at Structures （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館） — The RCSB's introduction to crystallography
- （英文）PDBsum Home Page （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館） — Extracts data from other databases about PDB structures.
- （英文）Nucleic Acid Database, NDB （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館） — a PDB mirror especially for searching for nucleic acids
- （英文）Introductory PDB tutorial sponsored by PDB
- （英文）PDBe: Quick Tour on EBI Train OnLine （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）