重子暗物質（或稱普通暗物質）是種由重子（例如質子和中子等）組成的暗物質。主要表現為一些已不具備發光條件的氣體或星體，例如棕矮星和大質量緻密暈天體（MACHO）等。
重子暗物質總體質量的粗略數字可從太初核合成的質量計算或宇宙微波背景輻射的觀察中獲得。而兩種計算方式都得出重子暗物質的總體質量大大小於宇宙暗物質總量的結論。
根據太初核合成學說的推論，原始物質的質量越大，相對的早期宇宙的密度也相對較大，而這將導致物質-氦4同位素的轉換效率增大，而氘的量也會因此減少。倘若所有的暗物質都是由重子組成，宇宙的氘素肯定會比現在我們所能觀察到的少多。由此就導出了以上的結論。
