高斯網絡模型

高斯網絡模型是將生物大分子描述成一種伸縮性的彈簧網絡來進行研究，理解，或描述大範圍內動力學的力學特性。

核小體核心顆粒的高斯網絡模型 (GNM) 表示（PDB id：1KX4）。節點代表殘基（胺基酸，灰色；以及位於P（橘色）、C4'- 和C2-原子（白色）處的核苷酸。節點透過彈簧網絡連接（淺灰色表示蛋白質分子內，黃色表示蛋白質分子內） DNA/RNA 分子內和青色（蛋白質-DNA 分子間）

高斯網絡模型是一種研究生物分子的簡化模型。在其中，氨基酸用其alpha碳原子替代，視作一個節點。類似的，在DNA和RNA中，每個核苷酸用一到三個節點來表示。在這個模型中節點之間的相互作用用同一種模式來近似（當距離低於某值時視作一個彈簧）。這種近似使該模型易於計算。

腳註

外部文獻

• Bahar, I.; Atilgan, A. R.; Erman, B. Direct evaluation of thermal fluctuations in protein using a single parameter harmonic potential. Folding & Design. 1997, 2 (3): 173–181. PMID 9218955. doi:10.1016/s1359-0278(97)00024-2. 
• Haliloglu, T. Bahar; Erman, B. Gaussian dynamics of folded proteins. Phys. Rev. Lett. 1997, 79 (16): 3090–3093. Bibcode:1997PhRvL..79.3090H. doi:10.1103/physrevlett.79.3090. 
• Cui Q, Bahar I, (2006). Normal Mode Analysis: Theory and applications to biological and chemical systems, Chapman & Hall/CRC, London, UK