UniProt
UniProt（聯合的蛋白）是一個全面的，高質量的，免費使用的蛋白質序列與功能信息數據庫，許多內容來自基因組計劃，它還包含了大量來自研究文獻的關於蛋白的生物學功能信息。
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| 內容 | |
| 有機體 | 所有 |
| 相關信息 | |
| 研究中心 | 英國EMBL-EBI、瑞士SIB、美國PIR |
| 訪問入口 | |
| 數據格式 | Custom flat file, FASTA, GFF, RDF, XML. |
| 網站 | www |
| 下載地址 | www |
| 網絡服務地址 | 是 – JAVA應用程序接口在這裡看到信息&表現層狀態轉換在這裡看到信息 |
| 工具 | |
| Web | 高級搜索，BLAST，ClustalO，批量檢索/下載，ID映射 |
| 其他 | |
| 許可 | 創作共用署名-禁止改作 |
| 版本 | 是 |
| 數據發佈頻率 | 4周一次 |
| 管理政策 | 是 – 手動和自動。 數據庫監護人和計算算法生成的自動註釋規則。 |
| 可否列為書籤 | 是 – 個別蛋白質條目和搜索 |
UniProt共同體
編輯UniProt共同體由歐洲生物信息研究所, 瑞士生物信息研究所，以及美國Protein Information Resource組成。歐洲生物信息研究所坐落於英國茵格斯頓的Wellcome Trust Genome Campus，擁有大量的生物信息學數據庫及服務資源。瑞士生物信息研究所位於瑞士的日內瓦，維持專家蛋白質分析系統（Expert Protein Analysis System，一個蛋白質組學工具和數據庫資源中心）服務器的運作。2002年，EBI，SIB和PIR聯合成為UniProt共同體[1]。
UniProt數據庫的根源
編輯每個共同體成員都積極參與蛋白質數據庫維護和注釋。 直到最近，EBI和SIB一起生產了Swiss-Prot和TrEMBL數據庫，而PIR生產了蛋白質序列數據庫（PIR-PSD）[2][3][4]。 這些數據庫與不同的蛋白質序列覆蓋和注釋優先級共存。
參考文獻
編輯- ^ 2002 Release: NHGRI Funds Global Protein Database. National Human Genome Research Institute (NHGRI). [14 April 2018]. （原始內容存檔於2015-09-24）.
- ^ O'Donovan, C.; Martin, M. J.; Gattiker, A.; Gasteiger, E.; Bairoch, A.; Apweiler, R. High-quality protein knowledge resource: SWISS-PROT and TrEMBL. Briefings in Bioinformatics. 2002, 3 (3): 275–284. PMID 12230036. doi:10.1093/bib/3.3.275.
- ^ Wu, C. H.; Yeh, L. S.; Huang, H.; Arminski, L.; Castro-Alvear, J.; Chen, Y.; Hu, Z.; Kourtesis, P.; Ledley, R. S.; Suzek, B. E.; Vinayaka, C. R.; Zhang, J.; Barker, W. C. The Protein Information Resource. Nucleic Acids Research. 2003, 31 (1): 345–347. PMC 165487
. PMID 12520019. doi:10.1093/nar/gkg040.
- ^ Boeckmann, B.; Bairoch, A.; Apweiler, R.; Blatter, M. C.; Estreicher, A.; Gasteiger, E.; Martin, M. J.; Michoud, K.; O'Donovan, C.; Phan, I.; Pilbout, S.; Schneider, M. The SWISS-PROT protein knowledgebase and its supplement TrEMBL in 2003. Nucleic Acids Research. 2003, 31 (1): 365–370. PMC 165542 . PMID 12520024. doi:10.1093/nar/gkg095.
外部連結
編輯
