中國科學院南京地理與湖泊研究所是中華人民共和國地理與湖泊研究機構,是中國科學院的直屬研究單位。
1940年8月,中國地理研究所在重慶北碚成立。1947年夏遷往南京。
1953年正式改建為中國科學院地理研究所。1958年,研究所主體遷往北京,成立中國科學院地理科學與資源研究所;大地測量組遷往武漢,建立中國科學院測量製圖研究所;部分研究人員留在南京,建立中國科學院南京地理研究所。1987年10月改為現名。[1][2]