巢崑源,字鳴則,南直隸常州府武進縣人,明朝官員。賜特用進士出身。
崇禎六年(1633年)癸酉科應天府鄉試舉人,任吏部司務廳司務,十三年以乙榜舉人賜特用出身。歷官九江總督監軍僉事、轉饒南參議、九江參議[1]。