木門郡，中國南北朝時設置的郡。
南朝梁普通六年（525年）置木門郡，屬巴州。治所在伏強縣（今四川省旺蒼縣東南木門鎮）。轄境約當今四川省旺蒼縣東南部。承聖二年（553年）被西魏佔領，北周沿置，下轄伏強縣、池川縣。隋文帝開皇三年（583年）廢木門郡，地屬巴州。
