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蛋白質電泳(英語:Protein electrophoresis)是根據蛋白質帶電量或分子量的大小把不同的蛋白質分開,起到分離純化的效果。根據帶電量分離的叫「等電點電泳」(二維電泳),根據分子量分的是用「十二烷基硫酸鈉聚丙烯酰胺凝膠電泳」。後者的運用較廣泛,與轉膜技術,抗原抗體反應,和成像技術合起來就是分子生物學實驗室常用的「蛋白質印跡法」(western blotting)。
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