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有孔蟲界

域：真核生物域
演化支：雙鞭毛生物
演化支：SAR超類群

真核生物

- 參見真核生物

有孔蟲界

- 見下 ↓

有孔蟲界

有孔蟲門（英語：Retaria）

放射蟲亞門

序足蟲目（英語：Taxopodida）
等輻骨蟲綱	鬆棘目（英語：Chaunocanthida）全棘目（英語：Holocanthida）同棘目（英語：Symphyacanthida）節棘目
多孔蟲綱	膠球蟲目（英語：Collodaria）泡沫蟲目罩籠蟲目山球蟲目（英語：Orodaria） †阿貝爾蟲目（英語：Albaillellaria） †古刺球蟲目（英語：Archaeospicularia） †內射球蟲目（英語：Entactinaria） †隱管蟲目（英語：Latentifistularia）
參見放射蟲亞門

有孔蟲亞門

瓶形蟲目（英語：Lagenida）
Heterogromia（英語：Heterogromia）
Komokiacea（英語：Komokiacea）

單室綱（英語：Monothalamea）

Astrammina（英語：Astrammina）
Crithionina（英語：Crithionina）
Notodendrodes（英語：Notodendrodes）
Psammophaga（英語：Psammophaga）
Bathysiphon（英語：Bathysiphon）
Nujappikia（英語：Nujappikia）
Lieberkuehniidae（英語：Lieberkuehniidae）
Edaphoallogromiidae（英語：Edaphoallogromiidae）
Lacogromiidae（英語：Lacogromiidae）
Limnogromiidae（英語：Limnogromiidae）
網黏菌科（英語：Reticulomyxidae）
Schizamminidae（英語：Schizamminidae）
Velamentofexidae（英語：Velamentofexidae）

管室綱（英語：Tubothalamea）

球室綱

- 參見有孔蟲亞門

絲足蟲類

- 見下 ↓

絲足蟲類

絲
足
蟲
類

絲足蟲門	見下 ↓

內
菌
蟲
門（英語：Endomyxa）

網殼蟲屬（英語：Filoreta）網足蟲屬
吸血鬼蟲目（英語：Vampyrellida）	Arachnula（英語：Arachnula） Gobiella（英語：Gobiella）明盤蟲目（英語：Hyalodiscus） Lateromyxa（英語：Lateromyxa） Leptophrys（英語：Leptophrys） Gobiella（英語：Gobiella） Platyreta（英語：Platyreta） Thalassomyxa（英語：Thalassomyxa） Theratromyxa（英語：Theratromyxa）吸血鬼蟲屬（英語：Vampyrella） Vernalophrys（英語：Vernalophrys） Penardia（英語：Penardia）
植菌蟲綱（英語：Phytomyxea）	Marinomyxa（英語：Marinomyxa）根腫菌目（英語：Plasmodiophorida） : 根腫菌屬 Polymyxa（英語：Polymyxa） Woronina（英語：Woronina） Ligniera（英語：Ligniera） Sorosphaerula（英語：Sorosphaerula） Spongospora（英語：Spongospora）噬黏菌目（英語：Phagomyxida）: 噬黏菌屬（英語：Phagomyxa） Maullinia（英語：Maullinia）
陋孢子蟲綱（英語：Ascetosporea）	單孢蟲目（英語：Haplosporida）: Bonamia 單孢蟲屬（英語：Haplosporidium） Minchinia（英語：Minchinia） Urosporidium（英語：Urosporidium）微胞蟲目（英語：Mikrocytida）: Mikrocytos（英語：Mikrocytos）微胞蟲屬（英語：Paramikrocytos）前旋蟲目（英語：Paradinida）: Marteilia（英語：Marteilia） Paramyxa（英語：Paramyxa） Paramarteilia（英語：Paramarteilia） Marteilioides（英語：Marteilioides） Eomarteilia（英語：Eomarteilia）閉孢蟲屬（英語：Claustrosporidium）前黏蟲目（英語：Paramyxida）: Paradinium（英語：Paradinium）

絲足蟲門

絲
足
蟲
門

地位未定: Dictiomyxa（英語：Dictiomyxa）

Katabia（英語：Katabia）
Myxodictyium（英語：Myxodictyium）
Pontomyxa（英語：Pontomyxa）
Protomyxa（英語：Protomyxa）
Protogenes（英語：Protogenes）
Pseudospora（英語：Pseudospora）
Rhizoplasma（英語：Rhizoplasma）
Discocelia（英語：Discocelia）
海怪蟲屬（英語：Kraken）
盤縷蟲屬（英語：Discocelia）

Volutellidae（英語：Volutellidae）: Pseudovolutella（英語：Pseudovolutella）
Volutella（英語：Volutella (protist)）

棲沙蟲科（英語：Psammonobiotidae）: Alepiella（英語：Alepiella）
Chardezia（英語：Chardezia）
Edaphonobiotus（英語：Edaphonobiotus）
Feuerbornia（英語：Feuerbornia）
Frenzelina（英語：Frenzelina）
Lesquerella（英語：Lesquerella）
Micramphora（英語：Micramphora）
Micropsammella（英語：Micropsammella）
Nadinella（英語：Nadinella）
Ogdeniella（英語：Ogdeniella）
Psammonobiotus（英語：Psammonobiotus）
Propsammonobiotus（英語：Propsammonobiotus）
Rhumbleriella（英語：Rhumbleriella）

水翔蟲目（英語：Aquavolonida）: 水翔蟲屬（英語：Aquavolon）
Lapot（英語：Lapot）

顫抖蟲目（英語：Tremulida）: 顫抖蟲屬（英語：Tremula）

Viridiraptoridae（英語：Viridiraptoridae）: Viridiraptor（英語：Viridiraptor）
Orciraptor（英語：Orciraptor）

Pansomonadidae（英語：Pansomonadidae）: Agitata（英語：Agitata）
Aurigamonas（英語：Aurigamonas）

絲胞蟲目（英語：Cercomonadida）

絲胞蟲屬（英語：Cercomonas）

Eoercomonas（英語：Eoercomonas）

Filomonas（英語：Filomonas）

Neocercomonas（英語：Neocercomonas）

Cavernomonas（英語：Cavernomonas）

副絲胞蟲目（英語：Paracercomonadida）

Brevimastigomonas（英語：Brevimastigomonas）
Metabolomonas（英語：Metabolomonas）
Nucleocercomonas（英語：Nucleocercomonas）
副絲胞蟲屬（英語：Paracercomonas）
Phytocercomonas（英語：Phytocercomonas）

滑胞蟲目（英語：Glissomonadida）

Saccharomycomorphidae（英語：Saccharomycomorphidae）: Saccharomycomorpha（英語：Saccharomycomorpha）

Sandonidae（英語：Sandonidae）: Sandona（英語：Sandona）
Flectomonas（英語：Flectomonas）
Neoheteromita（英語：Neoheteromita）
Mollimonas（英語：Mollimonas）

Dujardinidae（英語：Dujardinidae）: Dujardina（英語：Dujardina）

Bodomorphidae（英語：Bodomorphidae）: Bodomorpha（英語：Bodomorpha）

Proleptomonadidae（英語：Proleptomonadidae）: Proleptomonas（英語：Proleptomonas）

Allapsidae（英語：Allapsidae）: Allapsa（英語：Allapsa）
Teretomonas（英語：Teretomonas）
Allantion（英語：Allantion）

塞諾蟲綱（英語：Sainouroidea）

塞諾蟲科（英語：Sainouridae）: Acantholus（英語：Acantholus）
Cholamonas（英語：Cholamonas）
Homocognata（英語：Homocognata）
塞諾蟲屬（英語：Sainouron）

赫爾蟲科（英語：Helkesimastigidae）: 赫爾蟲屬（英語：Helkesimastix）

Guttulinopsidae（英語：Guttulinopsidae）: Guttulinopsis（英語：Guttulinopsis）
Olivorum（英語：Olivorum）
Puppisaman（英語：Puppisaman）
Rosculus（英語：Rosculus）

鞘縷蟲綱（英語：Thecofilosea）

地位未定: 馬塔茲蟲屬（英語：Mataza）腹縷蟲目（英語：Ventricleftida）: Ventrifissura（英語：Ventrifissura） Verrucomonas（英語：Verrucomonas）艾鞭藻科: 艾鞭藻屬（英語：Ebria） Hermesinum（英語：Hermesinum） Botuliforma（英語：Botuliforma）
稀孔蟲下綱（英語：Phaeodarea）	暗貝蟲類（英語：Phaeoconchia）: Coelodendruma（英語：Coelodendruma） Coelographis（英語：Coelographis） Conchellium（英語：Conchellium） Conchopsis（英語：Conchopsis）暗囊蟲類（英語：Phaeocystina）: Aulacantha（英語：Aulacantha） Aulographis（英語：Aulographis） Cannoraphis（英語：Cannoraphis）暗尺蟲類（英語：Phaeogromia）: 栗殼蟲屬 Challengeron（英語：Challengeron） Haeckeliana（英語：Haeckeliana） Medusetta（英語：Medusetta） Tuscarora（英語：Tuscarora）暗球蟲類（英語：Phaeosphaeria）: Aulosphaera（英語：Aulosphaera） Cannosphaera（英語：Cannosphaera） Sagosphaera（英語：Sagosphaera）
冷胞蟲目（英語：Cryomonadida）	Protaspidae（英語：Protaspidae）: Cryothecomonas（英語：Cryothecomonas） Protaspa（英語：Protaspa） Rhogostomidae（英語：Rhogostomidae）: Rhogostoma（英語：Rhogostoma） Sacciforma（英語：Sacciforma） Capsellina（英語：Capsellina）
殼縷蟲目（英語：Tectofilosid）	Pseudodifﬂugia（英語：Pseudodifﬂugia） Rhizaspis（英語：Rhizaspis） Chlamydophryidae（英語：Chlamydophryidae）: Chlamydophrys（英語：Chlamydophrys） Lecythium（英語：Lecythium） Trachyrhizium（英語：Trachyrhizium） Diaphoropodon（英語：Diaphoropodon） Clypeolina（英語：Clypeolina） Leptochlamydophrys（英語：Leptochlamydophrys） Fiscullidae（英語：Fiscullidae）: Fisculla（英語：Fisculla） Omnivora（英語：Omnivora）