核糖核酸內切酶（英語：Endoribonuclease）是一種RNA酶，對核糖核酸內一定鹼基序列中某一定位置發生作用（可以是單鏈或雙鏈），把該處的鏈切開，再由核糖核酸外切酶進行分解剪切。核糖核酸內切酶可以是單個蛋白，如RNase III、RNase A、RNase T1和RNase H等；也可以是單個或多個蛋白與RNA的複合體，如核酶RNase P和RNA誘導沉默複合體（RNA-induced silencing complex，RISC）。
