第39集團軍是一個二戰時期成立，兩次重組的蘇聯紅軍集團軍。
1941年第一次成立，蘇德戰爭爆發後曾參加勒熱夫戰役。1942年第二次成立，後移動至蒙古，參加蘇日戰爭，屬外貝加爾方面軍，司令為伊萬·伊里奇·柳金科夫，副司令為格奧爾基·基里洛維奇·科茲洛夫，佔領中國東北城市大連，後駐紮於旅順。集團軍司令領導指揮蘇軍駐旅大部隊。阿法納西·帕夫蘭蒂耶維奇·別洛博羅多夫擔任司令。1955年，集團軍從旅順撤軍，隔年解散。1967年第三次組建於蒙古烏蘭巴托，1992年撤出蒙古。
