結構模體
超二级结构
結構模體（英語：structural motif）也稱結構基序，是鏈樣生物分子（如蛋白質或核酸）中普遍存在且具有特徵性的局部三維結構（超二級結構）單元模式。結構模體常為某種功能決定部位，可出現在各種不同的、演化上不相關的鏈樣分子中。結構模體使得我們無法預測蛋白的生物學功能：不同蛋白質或酶中的相同模體可能存在較大功能差異。
因為一級結構和三級結構之間的關係並不簡單直接，兩個生物聚合物可以共享同一個模體又缺乏明顯的一級結構的相似性。換言之，一個結構模體不必要具有與一個序列模體相關。另外，序列模體的存在並不一定意味着一個獨特的結構。例如，在大多數DNA模體中，假設該序列的DNA不從正常的「雙螺旋」結構偏離。
蛋白質中的結構模體
編輯在蛋白質中，結構模體通常只有幾個二級結構組成，如「螺旋-轉角-螺旋」，只有三個。
- β髮夾：
- 希臘鑰匙：
四股β鏈相互摺疊形成三明治的形狀
- Ω環：
另見
編輯參考文獻
編輯- PROSITE Database of protein families and domains （頁面存檔備份，存於互聯網檔案館）
- SCOP Structural classification of Proteins
- CATH Class Architecture Topology Homology （頁面存檔備份，存於互聯網檔案館）
- FSSP FSSP （頁面存檔備份，存於互聯網檔案館）
- PASS2 PASS2 - Protein Alignments as Structural Superfamilies
- SMoS SMoS - Database of Structural Motifs of Superfamily （頁面存檔備份，存於互聯網檔案館）
- S4 S4: Server for Super-Secondary Structure Motif Mining
外部連結
編輯- Chiang YS, Gelfand TI, Kister AE, Gelfand IM. New classification of supersecondary structures of sandwich-like proteins uncovers strict patterns of strand assemblage.. Proteins. 2007, 68 (4): 915–921. PMID 17557333. doi:10.1002/prot.21473.