兵马司，中国古代朝廷的军事机构之一。
明初，明廷在南京置五城兵马司，永乐迁都，北京亦置五城兵马司。在清朝，主要从事京城（北京，但是不包含紫禁城）的治安。该兵马司辖下军队分驻京城各地，主管为文官建制的兵马司指挥使。1910年代，清朝灭亡后，该机构废除。
