古菌分类表

本表以LPSN网站的分类为基础（当前版本2007年3月29日），本分类代表原核生物分类的权威杂志IJSEM（页面存档备份，存于互联网档案馆）的分类系统，同时参考NCBI Taxonomy（页面存档备份，存于互联网档案馆），但目前其它中文维基分类表可能依照其它标准，请注意其区别。

中文名称采用惯例（包括网上搜索途径）以及拉丁名直接意译，部分参考《细菌名称》第二版，拉丁文意译参考原核生物名称(英文)网站。翻译问题欢迎在原文中添加或者在讨论页中提出。

本表列到属级。 后面带*者为尚未被IJSEM杂志确认的分类。

参见古细菌。

初古菌门(Korarchaeota)*

1. 初古菌属(Korarchaeum)*

纳古菌门(Nanoarchaeota)*

1. 纳古菌属(Nanoarchaeum)*

Thaumarchaeota

1. 餐古菌目(Cenarchaeales)
   1. 餐古菌科(Cenarchaeaceae)*
      1. 餐古菌属(Cenarchaeum)*
2. 亚硝化暖菌目(Nitrosocaldales)*
   1. 亚硝化暖菌科(Nitrosocaldaceae)*
      1. 亚硝化暖菌属(Nitrosocaldus)*
3. 亚硝化侏儒菌目(Nitrosopumilales)*
   1. 亚硝化侏儒菌科(Nitrosopumilaceae)*
      1. 亚硝化侏儒菌属(Nitrosopumilus)*

泉古菌门(Crenarchaeota)

热变形菌纲(Thermoprotei)

1. 暖球形菌目(Caldisphaerales)
   1. 暖球形菌科(Caldisphaeraceae)
      1. 暖球形菌属(Caldisphaera)
2. 除硫球菌目(Desulfurococcales)
   1. 除硫球菌科(Desulfurococcaceae)
      1. 酸叶菌属(Acidilobus)
      2. 气火菌属(Aeropyrum)
      3. 除硫球菌属(Desulfurococcus)
      4. 燃球菌属(Ignicoccus)
      5. 燃球形菌属(Ignisphaera)
      6. 葡萄热菌属(Staphylothermus)
      7. 施铁特菌属(Stetteria)
      8. 厌硫球菌属(Sulfophobococcus)
      9. 热盘菌属(Thermodiscus)
      10. 热球形菌属(Thermosphaera)
   2. 热网菌科(Pyrodictiaceae)
      1. 超热菌属(Hyperthermus)
      2. 热网菌属(Pyrodictium)
      3. 火叶菌属(Pyrolobus)
3. 硫化叶菌目(Sulfolobales)
   1. 硫化叶菌科(Sulfolobaceae)
      1. 喜酸菌属(Acidianus)
      2. 除硫叶菌属(Desulfurolobus)
      3. 生金球形菌属(Metallosphaera)
      4. 憎叶菌属(Stygiolobus)
      5. 硫化叶菌属(Sulfolobus)
      6. 硫磺球形菌属(Sulfurisphaera)
      7. 硫磺球菌属(Sulfurococcus)
4. 热变形菌目(Thermoproteales)
   1. 热丝菌科(Thermofilaceae)
      1. 热丝菌属(Thermofilum)
   2. 热变形菌科(Thermoproteaceae)
      1. 暖枝菌属(Caldivirga)
      2. 火棒菌属(Pyrobaculum)
      3. 热分支菌属(Thermocladium)
      4. 热变形菌属(Thermoproteus)
      5. 火山鬃菌属(Vulcanisaeta)

广古菌门(Euryarchaeota)

古丸菌纲(Archaeoglobi)

1. 古丸菌目(Archaeoglobales)
   1. 古丸菌科(Archaeoglobaceae)
      1. 古丸菌属(Archaeoglobus)
      2. 铁丸菌属(Ferroglobus)
      3. 地丸菌属(Geoglobus)

盐杆菌纲(Halobacteria)

1. 盐杆菌目(Halobacteriales)
   1. 盐杆菌科(Halobacteriaceae)
      1. 适盐菌属(Haladaptatus)
      2. 盐碱球菌属(Halalkalicoccus)
      3. 盐盒菌属(Haloarcula)
      4. 盐杆菌属(Halobacterium)
      5. 盐棒菌属(Halobaculum)
      6. 盐二型菌属(Halobiforma)
      7. 盐球菌属(Halococcus)
      8. 富盐菌属(Haloferax)
      9. 盐几何菌属(Halogeometricum)
      10. 盐微菌属(Halomicrobium)
      11. 盐惰菌属(Halopiger)
      12. 盐盘菌属(Haloplanus)
      13. 盐方菌属(Haloquadratum)
      14. 盐棍菌属(Halorhabdus)
      15. 盐红菌属(Halorubrum)
      16. 盐简菌属(Halosimplex)
      17. 盐池栖菌属(Halostagnicola)
      18. 盐陆生菌属(Haloterrigena)
      19. 盐长命菌属(Halovivax)
      20. 钠白菌属(Natrialba)
      21. 钠线菌属(Natrinema)
      22. 盐碱杆菌属(Natronobacterium)
      23. 盐碱球菌属(Natronococcus)
      24. 盐碱湖菌属(Natronolimnobius)
      25. 盐碱单胞菌属(Natronomonas)
      26. 盐碱红菌属(Natronorubrum)

甲烷杆菌纲(Methanobacteria)

1. 甲烷杆菌目(Methanobacteriales)
   1. 甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae)
      1. 甲烷杆菌属(Methanobacterium)
      2. 甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)
      3. 甲烷球形菌属(Methanosphaera)
      4. 甲烷热杆菌属(Methanothermobacter)
   2. 甲烷热菌科(Methanothermaceae)
      1. 甲烷热菌属(Methanothermus)

甲烷球菌纲(Methanococci)

1. 甲烷球菌目(Methanococcales)
   1. 甲烷暖球菌科(Methanocaldococcaceae)
      1. 甲烷暖球菌属(Methanocaldococcus)
      2. 甲烷炎菌属(Methanotorris)
   2. 甲烷球菌科(Methanococcaceae)
      1. 甲烷球菌属(Methanococcus)
      2. 甲烷热球菌属(Methanothermococcus)

甲烷微菌纲(Methanomicrobia)

1. 甲烷微菌目(Methanomicrobiales)
   1. 甲烷粒菌科(Methanocorpusculaceae)
      1. 甲烷粒菌属(Methanocorpusculum)
   2. 甲烷微菌科(Methanomicrobiaceae)
      1. 甲烷囊菌属(Methanoculleus)
      2. 甲烷泡菌属(Methanofollis)
      3. 产甲烷菌属(Methanogenium)
      4. 甲烷裂叶菌属(Methanolacinia)
      5. 甲烷微菌属(Methanomicrobium)
      6. 甲烷盘菌属(Methanoplanus)
   3. 甲烷螺菌科(Methanospirillaceae)
      1. 甲烷螺菌属(Methanospirillum)
   4. 科未定
      1. 甲烷砾菌属(Methanocalculus)
      2. 甲烷绳菌属(Methanolinea)
2. 甲烷八叠球菌目(Methanosarcinales)
   1. 甲烷鬃菌科(Methanosaetaceae)
      1. 甲烷鬃菌属(Methanosaeta)
      2. 甲烷发菌属(Methanothrix)
   2. 甲烷八叠球菌科(Methanosarcinaceae)
      1. 盐甲烷球菌(Halomethanococcus)
      2. 甲烷微球菌属(Methanimicrococcus)
      3. 甲烷类球菌属(Methanococcoides)
      4. 甲烷盐菌属(Methanohalobium)
      5. 甲烷嗜盐菌属(Methanohalophilus)
      6. 甲烷叶菌属(Methanolobus)
      7. 甲烷食甲基菌属(Methanomethylovorans)
      8. 甲烷咸菌属(Methanosalsum)
      9. 甲烷八叠球菌属(Methanosarcina)
   3. 甲热球菌科(Methermicoccaceae)
      1. 甲热球菌属(Methermicoccus)

甲烷火菌纲(Methanopyri)

1. 甲烷火菌目(Methanopyrales)
   1. 甲烷火菌科(Methanopyraceae)
      1. 甲烷火菌属(Methanopyrus)

热球菌纲(Thermococci)

1. 热球菌目(Thermococcales)
   1. 热球菌科(Thermococcaceae)
      1. 古老球菌属(Palaeococcus)
      2. 火球菌属(Pyrococcus)
      3. 热球菌属(Thermococcus)

热原体纲(Thermoplasmata)

1. 热原体目(Thermoplasmatales)
   1. 铁原体科(Ferroplasmaceae)（注：正确形式应为Ferroplasmataceae）
      1. 铁原体属(Ferroplasma)
   2. 嗜苦菌科(Picrophilaceae)
      1. 嗜苦菌属(Picrophilus)
   3. 热原体科(Thermoplasmataceae)
      1. 热原体属(Thermoplasma)
   4. 科未定
      1. 热裸单胞菌属(Thermogymnomonas)