巴丘郡,中国古代的郡。
三国东吴末帝孙皓元兴元年(264年),分豫章郡、庐陵郡新置巴丘郡,下辖新淦县(今江西省樟树市)、石阳县(今江西省吉水县)。新淦县为郡治,原属豫章郡;石阳县原属庐陵郡。旋即撤销巴丘郡,领县回归原郡。