東門古鎮在長江北岸,大致和南京市緯度相當,位於北緯31°14'東經118°20'左右,在長江與滁河水系之間,朱家山河和西北部的滁河和東南部的長江連通。東門古鎮在老山山脈近旁,四周丘陵起伏。江河沿岸均有江水沖積形成的洲地,有著肥沃的土地,和豐富物產。全鎮總面積三平方公里左右   

東門古鎮和南京同屬亞熱帶季風氣候,雨量年際、季節之間差異比較大,豐枯現象比較明顯,降雨量在季節上分布不是很均勻。根據歷史資料統計發現,該鎮多年平均降雨量為11025毫米,豐水年高達17787毫米(1991年),枯水年僅有464毫米(1978年),汛期(5月~9月)平均降雨量為7132毫米,汛期最大降雨量1324.6毫米(1991年),最小降雨量2485毫米(1978年),最大日降雨量3016毫米(2003年7月5日)。   

朱家山河是東門古鎮的母親河。東門古鎮分別屬於滁河和長江兩條水系,大致以老山山脈為界,老山山脈南邊為長江水系,以北則為滁河水系。朱家山河是經過東門古鎮的一條連接長江滁河的通江分洪道,它有效減輕了滁河對東門的水患。