克萊頓縣(英語:Clayton County)是美國愛阿華州東部的一個縣,隔密西西比河與威斯康辛州相望。面積2,053平方公里。根據美國2000年人口普查,共有人口18,678。縣治艾喀德 (Elkader)。
成立於1837年,縣名紀念來自德拉瓦州的聯邦參議員約翰·密德頓·克萊頓 (John Middleton Clayton)。