開放蠕蟲
開放蠕蟲（OpenWorm）是一項旨在從細胞層面在電腦上模擬秀麗隱杆線蟲（Caenorhabditis elegans）的國際性開放科學項目。[1] [2][3]儘管該項目的長遠目標是模擬整個秀麗隱杆線蟲的全部959個細胞，第一階段的計劃是建立包含302個神經元和95個肌肉細胞的模型來模擬蠕蟲運動。這種自底向上的模擬是開放蠕蟲社區追求的目標。目前，此項目的物理引擎Sibernetic已經建好，神經連接組和肌肉細胞也已創建為NeuroML格式。整個蠕蟲的三維解剖模型可以通過瀏覽器自由查看。開放蠕蟲項目也參與了「Geppetto模擬框架」的開發，這是一個為開發有機體的整體建模而創設的多重算法、多尺度的模擬平台。[4]
OpenWorm 基金會是德拉瓦州一家非營利性公司，公司編號為 #5787527，成立於 2015 年 7 月。
OpenWorm是一個開源項目，致力於創建計算機中第一個虛擬生物。對簡單的神經系統進行建模是全面理解人類大腦等複雜系統的第一步。
什麼是秀麗隱杆線蟲？
編輯微小的線蟲 C. elegans 是生物學界研究得最透徹的有腦動物之一。它是第一個基因組被完全測序的多細胞生物，只有約1000個細胞和302個神經元。科學家已經繪製出這些神經元的「接線圖」，使 C. elegans 成為首個擁有完整連接組的生物。這些特性使它在人工智慧和計算神經科學領域具有重要的研究價值。
至今，已有三項諾貝爾獎頒發給了研究 C. elegans 的科學家。這種蠕蟲越來越多地被用作模型，以幫助我們更好地理解與所有生物（包括人類）相關的疾病和健康問題。在構建複雜的計算機模型時，從數據最完整的生物入手尤為重要，而 C. elegans 正是這樣的理想對象。
C. elegans細胞列表
編輯原表格來自OpenWorm[5]
參考文獻
編輯- ^ nematode fanciers open their worm to a kickstarter. [2014-10-17]. （原始內容存檔於2019-12-07）.
- ^ Towards a virtual C. elegans: A framework for simulation and visualization of the neuromuscular system in a 3D physical environment. Palyanov A., Khayrulin S., Larson S.D. and Dibert A. (2012) In Silico Biology 11(3): 137-147. [2014-10-17]. （原始內容存檔於2014-04-22）.
- ^ Current practice in software development for computational neuroscience and how to improve it. Gewaltig, M.-O., & Cannon, R. (2014). PLoS Computational Biology, 10(1), e1003376. doi:10.1371/journal.pcbi.1003376
- ^ Openworm is going to be a digital organism in your browser. [2014-10-17]. （原始內容存檔於2021-11-15）.
- ^ FAQ - OpenWorm Documentation. docs.openworm.org. [2024-07-29]. （原始內容存檔於2024-07-29）.
外部連結
編輯- Homepage: Openworm （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）
- OpenWorm community （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）
- Milestones （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）.
- Sibernetic （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）
- Models （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）
- OpenWorm browser
- Geppetto （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）