王善源(1907年11月11日—1981年1月1日),原籍福建福州,出生於印度尼西亞,微生物學家,中國科學院院士。
1929年,畢業於荷蘭萊登大學醫療系。1938年,畢業於法國巴黎大學物理數學系。1948年,畢業於英國倫敦EMI學院電子儀器系,先後分別獲醫學博士、物理學博士和電子工程學學士學位。
1948至1956年,王善源先後任荷蘭生物物理試驗所所長、荷蘭結核病門診部主任、荷蘭生物物理學會委員、萬國生物氣象學協會委員。
1956年11月,王善源回到中國,任中國醫學科學院流行病學微生物學研究所一級研究員。
1957年,王善源當選為中國科學院院士。