自然資源部南海局,為中華人民共和國自然資源部的派出機構,駐地為廣州市客村新港中路353號。
1965年成立,當時屬於中國人民解放軍海軍編制。設水文氣象科。廣東省氣象局的海洋水文氣象工作及16個海洋觀測站劃歸南海分局。
1984年5月脫離海軍編制,改為國家機關和事業單位編制。