沈琦（1558年—1606年），字仲玉，号韫所，直隶蘇州府吴江縣人，軍籍，明朝政治人物。
曾祖沈漢，正德十六年进士。父沈倬。沈琦少孤，有成人度，受学杜伟、毛图南，治经论文，俱有家法。训二弟沈珫、沈珣，庄严若师。萬曆十九年（1591年）与弟沈珫同登辛卯科舉人，二十三年（1595年）又同中乙未科進士[1]，後十年弟沈珣再登進士。初入礼部观政，授山东临淄县知县，居二年以母丧归，服闋，起任陕西高陵县知县，调三原县。三十二年擢入任礼部主事，生发背毒疮卒，年四十九岁。著有《家塾私语》、《珠树轩稿》。[2]。
